Programme

ARCHITECTURE GALAXY

Intervenants : A. Cormier, A. Dereeper, C. Caron

Objectif

Comprendre les concepts de l’architecture Galaxy au travers des différentes phases d’une installation standard, complétée par du paramétrage.

Pré-requis

• Disposer d’une machine virtuelle avec un OS déjà installé
• Liste des outils fournis par les stagiaires installés
• Fichiers data des participants pour les tests
• Bioblend
• Python 2.7.x

Programme

• Introduction générale : IFB, Galaxy, pointeurs,…

• Installation et configuration d’une instance Galaxy

• Librairies : concepts

• Sécurité : Groupe, Rôle, etc.

• Les data manager ?

• Accès aux outils : tool_runner, etc

• Frontal Apache

• Fonctionnalités de reporting

Livrable

Une machine virtuelle opérationnelle avec une instance Galaxy autonome sur chaque machine virtuelle.

INTEGRATION D'UN NOUVEL OUTIL ET MISE EN FORME POUR SA DISTRIBUTION

Intervenants : A. Lermine, G. Le Corguillé, JF. Dufayard, A. Dereeper, G. Andres

Objectif

Intégrer un outil aux spécificités plus ou moins fortes sous une forme distribuable via le toolshed.

Pré-requis

• Guide des Bonnes Pratiques (http://wiki.sb-roscoff.fr/ifb/index.php/Accueil)
• Syntaxe xml pour la création d'outil Galaxy (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/Tools/ToolConfigSyntax)
• Un outil / script à intégrer dans Galaxy 

Programmme

Matin : Gildas Le Corguillé

09h00 - 11h00 Intégration d'un script simple

11h00 - 12h00 Utilisation des fichiers de configuration

12h00 - 12h30 Exécution de code dans le xml

Après-midi : Jean-François Dufayard

14h00 - 14h30 Retour d'expérience & Choix des outils à intégrer par stagiaire

14h30 - 17h00 Intégration de l'outil par le stagiaire

Challenge session (Facultatif)

17h00 - 18h30 Intégration d'un outil complexe

Livrable

Outil choisit par le stagiaire intégré dans sa machine virtuelle.

TOOLSHED

Intervenants : O.Inizan, M.Monsoor, JF. Dufayard

Objectif

Savoir installer un outil depuis un ToolShed et apprendre à intégrer des outils.

Pré-requis

ToolShed IFB en V0 (oui, mais il faudra leur faire pratiquer sur un bac à sable special, étant donné qu’on devra les mettre admin du TShed).

Programme

• Théorie : existant et perspectives

• Installation / déploiement d’un workflow simple

• TP :

  • Apprendre à intégrer son outil dans le ToolShed

  • Installer l’outil depuis le ToolShed

• Tests fonctionnels

Livrable

Des outils intégrés dans le Toolshed et installables

UTILISATION DE L'API GALAXY

Intervenants : G. Le Corguillé, M. Monsoor, O. Inizan, A. Lermine, F. Mareuil, O. Doppelt-Azeroual

Objectif

Piloter / Administrer une instance Galaxy avec son API.

Pré-requis

Syntaxe BioBlend (http://bioblend.readthedocs.org/en/latest/api_docs/galaxy/all.html)

Programme

Après-midi : Alban Lermine 

14h00 - 14h15 Présentation de l’API + Librairie BioBlend (AL)

14h15 - 14H50 Présentation des différentes possibilités de l’API (Objet Python / Cas concret) (AL)

14h50 - 16H00 Utilisation de l’outil développé la veille via l’API, utilisation de ipython (OD, FM)

Livrable

Script de lancement automatique de workflow Galaxy ; Script de création automatique de Librairie